Virus, bactéries, microbes… Quelle différence ?

Microbes, virus, bactéries… Ces trois termes sont employés pour désigner les responsables de nos maladies, souvent sans faire bien connaître ce qui existe derrière chacun d’eux. Je vous propose aujourd’hui de rectifier le tir avec quelques bases de microbiologie. C’est parti ?

Qu’est-ce qu’un microbe ?

Le vivant, un monde de micro-organismes

Etymologiquement, le terme « microbe » vient du grec et signifie « petite vie » – de « mikrós », « petit » et « bíos », « vie ».  On parle aussi de micro-organisme. 

C’est en 1878 que le chirurgien français Charles Sédillot introduit le mot « microbe » pour désigner toutes les formes de vie invisibles à l’œil nu : les levures, certains champignons, des algues vertes unicellulaires, des planctons, des planaires – vers plats aquatiques – et bien d’autres encore ! Ces micro-organismes doivent être observés au microscope : pour cause, ils sont 100 à 10 000 fois plus petits qu’un grain de sable.

Les microbes, en plus d’avoir l’honneur d’être les premières formes de vie apparues sur Terre il y a environ trois milliards d’années, se trouvent dans tous les milieux – aquatique, terrestre, aérien – et de récentes études ont montré que les micro-organismes représentent à peu près 50 % des cellules présentes dans notre corps.

En réalité, une part importante du monde vivant est constituée de microbes.

La théorie des germes de Louis Pasteur

A peine un mois après l’annonce du Dr. Sédillot, Louis Pasteur et son équipe présentent à l’Académie de Médecine leur théorie des germes et ses applications dans les domaines de la médecine et de la chirurgie. Cette hypothèse, très controversée à ses débuts, postule que de nombreuses maladies sont causées par des micro-organismes. Ce n’est que quelques décennies plus tard, au début du XIXe siècle, que le postulat est enfin validé. Il a ainsi mené à d’importantes innovations hygiénistes et médicales et constitue l’un des fondamentaux de la médecine moderne.

Cependant, la théorie microbienne de Louis Pasteur a également contribué à ancrer dans le langage commun une association négative : les microbes sont des bactéries et virus pathogènes – c’est-à-dire « qui provoquent des maladies ».

Qu’est-ce qu’une bactérie ?

Les procaryotes, premiers êtres vivants sur Terre

Nous l’avons vu, les bactéries sont des microbes. Il s’agit d’organismes généralement unicellulaires – constitués d’une seule cellule –, bien qu’il existe des spécimens pluricellulaires – à plusieurs cellules donc, mais vous aviez suivi n’est-ce pas ? Les bactéries sont entourées d’une membrane cellulaire et disposent d’ADN mais, contrairement aux cellules, ces organismes sont dépourvus de noyau. C’est pourquoi on les qualifie de procaryotes, du latin « pro », « avant » et du grec « karyon », « noyau ». En effet, les bactéries font partie des premiers êtres vivants apparus sur notre planète, bien avant l’apparition des cellules à noyau, dites « eucaryotes ». 

Les bactéries sont des être autonomes qui vivent dans tous les milieux, même les plus extrêmes et sont capables d’assurer les fonctions liées à leur survie :

• se reproduire pour transmettre leur matériel génétique (ADN), 
• se nourrir via l’énergie et les ressources de leur environnement.

Ces microorganismes se distinguent en deux familles : les bactéries à Gram+ et celles à Gram-. De nombreuses différences existent entre les bactéries à Gram positif et à Gram négatif.

Des tailles et formes variées

Les bactéries mesurent en moyenne autour d’1 µm, soit un millionième de mètre – 50 fois plus fin qu’un cheveu – et présentent des formes variées. On trouve ainsi ces microbes sous forme :

• sphérique, que l’on appelle coque ;
• de bâtonnet, que l’on appelle bacille ;
• incurvée, que l’on nomme vibrion ;
• de fuseau, que l’on nomme fusiforme ;
• spiralée, que l’on appelle spirille.

Certaines bactéries sont également dotées d’un flagelle, une sorte de queue qu’elles utilisent pour se mouvoir dans leur environnement.

Une majorité inoffensive pour une minorité pathogène

Le corps humain héberge quelque 100 000 milliards de bactéries, soit environ 10 fois plus que le nombre de cellules qui le composent. A tel point que de récentes études avancent aujourd’hui que chaque être humain disposerait de sa propre identité bactérienne ! Les bactéries sont ainsi présentes dans tout notre organisme, ce qui conduit à de nombreuses recherches médicales, en particulier autour du microbiote intestinal.

La majeure partie de ces micro-organismes que nous abritons est inoffensive, voire bénéfique dans certains cas. Elle nous aide à digérer ou contribue à notre immunité, entre autres. Néanmoins, certaines bactéries sont à l’origine de maladies courantes comme l’angine, mais également de pathologies graves à l’instar de la tuberculose, de la peste ou du choléra.

Qu’est-ce qu’un virus ?

Si l’on inclut généralement les virus dans la catégorie des microbes, cette opinion ne fait pas consensus au sein de la communauté scientifique. En effet, les virus ont un mode de vie parasitaire et sont de plus en plus admis comme étant acaryotes – c’est-à-dire dépourvus de noyau, de métabolites et de métabolisme propres. En conséquence de quoi, leur nature en tant qu’être vivant ou non est largement débattue.

Le nom « virus » est issu du latin « uirus », qui signifie « jus, suc, humeur, venin, poison, infection, mauvaise odeur ». 

Il existe trois caractères fondamentaux, déterminés par André Lwoff en 1953, qui font des virus des entités originales.

1. Leur génome ne contient qu’un seul type de matériel génétique, ADN ou ARN.
2. Ils se reproduisent par réplication à partir de leur matériel génétique.
3. Ce sont de parfaits parasites qui s’installent à l’intérieur des cellules pour se reproduire.

Les virus se composent d’une capsule de protéines, appelée capside, qui protège le brin d’ADN ou d’ARN qu’ils contiennent. Certains disposent également d’une enveloppe qui protège la capside ; on les nomme « virus enveloppés », par opposition aux virus nus dont la capside est sans protection.

Le virus, un agent infectieux parasitaire

Les virus sont incapables de se reproduire de façon autonome : ils ont besoin d’une cellule-hôte. Vous êtes infecté par un virus pathogène ? Regardons ensemble comment la particule virale, appelée « virion », s’y prend pour se répliquer dans votre organisme – les puristes m’excuseront les raccourcis.

• Le virion va pénétrer dans une cellule de l’organisme à l’aide de protéines disposées sur sa capside, qui vont lui permettre de ne pas être perçu comme un danger. 
• Une fois confortablement installé, la particule virale va libérer son matériel génétique dans la cellule-hôte pour la forcer à créer des copies du virus. 
• De nouvelles particules virales sont conçues à l’aide du matériel génétique de la cellule-hôte et sont libérées dans l’organisme afin d’aller infecter de nouvelles cellules.

Pour en savoir plus sur le cyble de vie d’un virus, je vous invite à visionner la courte vidéo de la chaîne Vaccine Makers Project.

De nombreuses maladies plus ou moins graves sont causées par les virus : la grippe, la varicelle, la mononucléose, mais aussi le SIDA – j’attire votre attention sur le fait que le SIDA n’est pas un virus, mais un syndrome causé par un virus : le VIH – ou la variole.

Quand utiliser les antibiotiques ?

Afin de clore ce dossier, il me semble important de faire un rapide point santé concernant la prise d’antibiotiques. 

On l’a entendu, dit et répété maintes et maintes fois depuis des années : « Les antibiotiques, c’est pas automatique ! ». En effet, si vous avez bien suivi, les antibiotiques permettent de lutter contre les être vivants pathogènes.

C’est pourquoi les pathologies dues aux bactéries, qui sont des micro-organismes autonomes, peuvent être combattues à l’aide d’antibiotiques.

Au contraire, les pathologies virales ne le peuvent pas, du fait qu’un virus se « cache » dans vos cellules pour se répliquer. Dans ce cas les antibiotiques, qui n’agissent pas contre les cellules, ne feraient qu’altérer les bonnes bactéries que vous hébergez naturellement dans votre organisme.

Enfin, avant toute prise d’antibiotiques – surtout pas d’automédication !-, rendez-vous chez votre médecin qui vous fera passer un antibiogramme afin de déterminer la bactérie qui vous rend malade et vous donner les antibiotiques associés !

Pour aller plus loin

Revised Estimates for the Number of Human and Bacteria Cells in the Body – Sender R. et al, 2016
The Landscape of Genetic Content in the Gut and Oral Human Microbiome – Tierney T. B., et al, 2019
Le charme discret de l’intestin – Giulia Enders, Editions Acte Sud, 2015